1、申報：申請單位提出書面申請，填寫《衛生許可證申請書》或者《衛生許可證變更申請書》，并遞交符合衛生要求的有關材料。
2、登記：依照衛生許可受理規定和公共場所許可的條件，有關部門對屬于受理范圍的申報材料進行核對、登記。如果是公共場所，申請單位要先辦理建設項目衛生審查認定，等驗收通過后，在申報辦理《公共場所衛生許可證》。
3、受理：經過審查后，衛生行政部門在5個工作日內對符合受理規定的單位發放《行政許可受理通知書》；對不符合受理規定的發放《行政許可不予受理決定書》；對于資料不全的，發出《行政許可補正材料通知書》。
4、審查：衛生行政部門受理后，組織業務人員按照國家標準對申報材料進行審查，對于有問題的提出整改措施。
5、決定：自受理申請之日起二十日內，衛生行政部門根據審查意見，對符合規定的單位準予行政許可。
6、送達：衛生行政部門要在十個工作日內向作出準予行政許可決定的單位或者個人辦法《衛生許可證》。
當然，在辦理衛生許可證的過程中，衛生行政部門有權根據需求要求申請單位補充其他相關資料。
二、申辦衛生許可證所需申報材料
1、生產經營場所地平面布局圖一份，應標明比例尺（比例為1：100）、室內各功能房，基本要素（尺寸、名稱、設施名稱及個數），可自行手繪或用電腦繪制；
2、生產經營場地場所的使用證明（房屋產權證明和租賃協議）；
3、法定代表人或者負責人資格證明（董事會決議、章程或任命文件）一份；
4、生產經營場所地址方位示意圖一份：應標明方向、街道名稱、生產經營場所所在位置與周圍建筑、相鄰單位的關系；
5、法人或負責人培訓證明；
6、產品配方、生產工藝流程圖和說明，產品包裝材料、標簽、說明書樣稿；
三、發放食品衛生許可證的基本條件
1、場所基本設施符合衛生要求；
2、從業人員經健康檢查和培訓合格；
3、衛生制度健全、應當提供的資料齊全；
4、星級飯店（賓館）應當設有或者落實食品衛生質量檢驗機構，食品衛生質量檢驗機構內應當配備經衛生行政部門培訓考核后取得合格證書的專業人員。
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